Cette série issue de l'univers Gundam reprend le scénario habituel de la guerre des colonies contre la Terre, du vol des Gundams ainsi que le sentiment de supériorité des habitants de l'espace.

La chronologie prend place dans la Cosmic Era (CE, ou Ère Cosmic ), un nouveau calendrier adopté pour fêter la fin de la Guerre de Reconstruction et annonce du programme de colonisation Spatiale.

L'élément principal du scénario est la peur engendrée par des humains supérieurs, les Coordinateurs (Coordinator). Contrairement aux New-types dans la majorité des autres séries Gundam, les Coordinateurs ne sont pas une évolution de l'être humain, mais des êtres génétiquement modifiés dès la fécondation de l'ovule par le spermatozoïde. Les Coordinateurs ne souffrent d'aucune maladie, ils sont plus forts physiquement, plus vite mûrs intellectuellement, plus rapides, etc.

Ces avantages ont créé un mouvement de peur parmi les humains « normaux », les Naturels (Naturals). Cela a mené à la création d'un parti politique, Blue Cosmos, dont le but est l'anéantissement total des Coordinateurs . Suite à des attentats les visant, ces derniers se sont en grande majorité retirés dans les colonies spatiales de PLANT. Mais Blue Cosmos ne s'est pas contenté de cela : il a envoyé un missile nucléaire sur une colonie fermière, Junius-7,le 14 février CE 70.

Cet incident, connu sous le nom de Saint Valentin Sanglante a déclenché une guerre entre ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty, l'armée des Coordinateurs) et l'Alliance Terrestre, dont les forces armées sont connues sous le nom de OMNI Enforcer (Oppose Militancy & Neutralize Invasion Enforcer). Mais une nouvelle arme de ZAFT, des véhicules de combats anthropomorphes appelés Mobile Suit (MS, le terme "armure mobile" est aussi employé en version française), leur donne un avantage et malgré leur infériorité numérique, la guerre dure depuis déjà onze mois au début de la série.

(Source wikipédia)