L'histoire se déroule dans une version fictive de l'ère Edo au Japon. Une jeune fille, Fuu, recherche le samouraï qui sent le tournesol et se fait accompagner par deux individus originaux, Mugen l'extravagant, ancien pirate devenu vagabond, et Jin le samouraï (rōnin) impassible, suite à un pari qu'elle a gagné contre ces deux derniers qui allaient s'entre-tuer.

Le dessin animé mélange le hip-hop moderne avec le chambara, de la même manière que Cowboy Bebop mêlait la science-fiction avec le jazz et le blues. D'ailleurs, de nombreux artistes hip-hop japonais ont participé à la réalisation de la bande sonore : Nujabes, Force of Nature et Tsutchie, mais également un rappeur/compositeur américain, Fat Jon du groupe de rap Five Deez.


Ce mélange est source de nombreux anachronismes pour la plupart volontaires. Les lunettes de Jin et le style de combat de Mugen (mélange de capoeira et de breakdance) en sont des exemples, le plus flagran étant le langage employé (au doublage excellent  d'ailleurs)